Una misteriosa criatura destruye el 70% de la luna. La criatura entonces avisa que si no es destruida antes de marzo del próximo año, la Tierra será la próxima. La criatura también exige conviertirse en maestro de aula de clase de 3er grado E en Kasumigaoka Junior High School. El gobierno es incapaz de decir que no. La criatura se convierte en el maestro del salón de 3ro de la clase E pero la calidad de los estudiantes es de fracasados incluyendo Nagisa Shiota. El ser es llamado Maestro Koro. Mientras tanto, el gobierno solicita que los estudiantes intentan matar Maestro Koro a pesar de que posee superpoderes. El gobierno ofrece una recompensa de ¥ 10 mil millones para quien lo mate con éxito. Los estudiantes están confundidos por la situación, pero deciden matar Maestro Koro. Cuando su clase comienza con Maestro Koro, los estudiantes se ven obligados a pasar un buen tiempo con su nuevo maestro.